สถาบันวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีปาเลสไตน์ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 1994 โดยองค์การปลดปล่อยปาเลสไตน์ตามคำร้องขอของยูเนสโก สถาบันนี้ได้รับการจัดตั้งอย่างเป็นทางการตามพระราชกฤษฎีกาประธานาธิบดีฉบับที่ 114 ในปี พ.ศ. 1997 โดยได้รับการรับรองสถานะเป็นองค์กรอิสระ เอกชน และไม่แสวงหาผลกำไร พระราชกฤษฎีกานี้ให้อำนาจสถาบันในการทำหน้าที่เป็นหน่วยงานหลักด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในประเทศ มีหน้าที่ให้คำปรึกษาเกี่ยวกับการจัดทำนโยบาย โครงการ และโครงการต่างๆ เพื่อสนับสนุนการพัฒนาประเทศ และประสานงานกิจกรรมทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (S&T) ที่เกี่ยวข้อง ด้วยเหตุนี้ สถาบันจึงกลายเป็นศูนย์กลางและองค์กรหลักด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในปาเลสไตน์
ดร. ฟาธี อาราฟัต เป็น ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นประธานาธิบดีคนแรกโดยมี HE Yasser Arafat ประธานาธิบดีแห่งรัฐบาลแห่งชาติปาเลสไตน์ ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีกิตติมศักดิ์
ในปี พ.ศ. 1998 ดร. ราฟิก อัล-ฮุสเซนี ได้รับการแต่งตั้งเป็นเลขาธิการคนแรกของสถาบัน ดร. โมฮัมเหม็ด เซียรา ได้สืบทอดตำแหน่งเลขาธิการรักษาการต่อจากท่านในปี พ.ศ. 2000 ต่อมาในปี พ.ศ. 2001 ดร. อิมัด อัล-คาติบ ได้ดำรงตำแหน่งรักษาการเลขาธิการก่อนได้รับแต่งตั้งเป็นเลขาธิการในปีเดียวกัน ดร. ฮิกมัต อัจจูรี ได้รับการแต่งตั้งเป็นรองประธานสถาบัน
สถานะของสถาบันได้รับการยืนยันอีกครั้งโดย พระราชกฤษฎีกาฉบับที่ 13 พ.ศ. 2004 (ใน คอร์สภาษาอังกฤษ) ยกระดับให้เป็นสถาบันระดับชาติที่เป็นอิสระและปกครองตนเอง สถาบันวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีปาเลสไตน์มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรมในปาเลสไตน์ และใช้ประโยชน์จากสิ่งเหล่านี้ในฐานะตัวขับเคลื่อนการพัฒนาเศรษฐกิจ สังคม และมนุษย์ เพื่อให้บรรลุเป้าหมายนี้ สถาบันฯ ทำงานอย่างใกล้ชิดกับพันธมิตรจากภาควิชาการ ภาครัฐ และภาคอุตสาหกรรม ทั้งในระดับท้องถิ่นและระดับนานาชาติ การประสานงานและเพิ่มประสิทธิภาพความพยายามระดับชาติจึงมีความสำคัญอย่างยิ่งยวด เนื่องจากทรัพยากรที่มีอยู่อย่างจำกัดและความท้าทายสำคัญที่เผชิญอยู่ สถาบันฯ มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่กรุงเยรูซาเล็ม และมีสำนักงานเพิ่มเติมที่เมืองรามัลลาห์และกาซา
